НЦПДХ сотрудничает с различными клиниками, центрами и общественными организациями ближнего и дальнего зарубежья:

• Научно-исследовательское медицинское учреждение «St. Jude Childrens, USA, Tennessee;
• Республиканский специализированный научно-практический медицинский центр педиатрии, Узбекистан;
• Научно- исследовательский институт гематологии и переливания крови,  Узбекистан;
• ГУ Республиканский научно-клинический центр педиатрии и детской хирургии, Таджикистан;
• Негосударственное образовательное учреждение "Медико-социальный институт Тажикистана";
• НАО "Медицинский университет Семей";
• НАО "Медицинский университет Караганды";
• ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр детской гематологии, онкологии и иммунологии имени Д.Рогачёва» Минздрава России;
• ФГАУ «Национальный медицинский исследовательский центр здоровья детей» Минздрава России;
• Специализированная детская хирургическая клиника Самаркандского Государственного медицинского университета;
• Национальный центр охраны материнства и детства МЗ КР, Киргизия;
• ФГБУ "НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина" Минздрава России.